非居住外國人持有日本不動產，會在取得、保有、出租、出售、繼承五個場景各自適用不同的稅。稅率本身是公開資訊，但若不清楚「何時、向誰、繳多少」，就可能被源泉徵收多扣卻沒申請退稅，或在繼承時背上預想之外的負擔。先把基本結構理清。
1. 取得時的稅金
| 不動產取得稅 | 評估額的 3〜4% |
| 登錄免許稅（所有權轉移） | 評估額的 2% |
| 登錄免許稅（抵押權設定） | 借款額的 0.4% |
| 印紙稅 | 1 萬〜10 萬日圓 |
| 消費稅（僅建物） | 10% |
取得時的雜費約為建物價格的 5〜8%。要留意的是繳納時點：登錄免許稅和印紙稅在登記・簽約時即需繳納，而不動產取得稅是後付——納稅通知書在取得後數月才寄達。若交付時把資金用盡，之後會不夠，因此應另行預留價格近一成。還要記住：土地不徵消費稅，僅建物按 10% 課稅。
2. 保有時的稅金（每年）
- 固定資產稅：評估額的 1.4%
- 都市計畫稅：評估額的 0.3%（都市計畫區域內）
- 合計：評估額約 1.7%（住宅用地有減免）
固定資產稅・都市計畫稅以每年 1 月 1 日時點的所有者為課稅對象，分四期繳納。關鍵是住宅用地的減免：200㎡ 以下的「小規模住宅用地」，固定資產稅課稅標準降至 1/6，都市計畫稅降至 1/3。空地或事業用地無此減免，故同一塊地是否建有住宅，稅額差異很大。非居住者通常透過納稅管理人（見下）繳納。
3. 租賃收入的課稅
非居住者的租金收入，會先被源泉徵收 20.42%（多由管理公司從租金中代扣）。但這只是暫扣。透過確定申報扣除必要經費，多繳的部分即可退還。可扣的主要經費包括建物折舊、管理委託費、修繕費、借款利息、固定資產稅、保險費等。疊加之後課稅所得大幅壓縮，實效稅率降至 5〜15% 也不罕見。別讓「被源泉扣完就算了」，每年 3 月 15 日前務必申報，這是海外業主最划算的一環。
4. 出售時的轉讓所得稅
| 持有期間 | 稅率 |
|---|---|
| 5 年以下（短期） | 39.63%（所得稅 30%＋住民稅 9%＋復興 1.63%） |
| 超過 5 年（長期） | 20.315% |
| 自住 3,000 萬日圓特別扣除 | 僅居住者（非居住者不可） |
令稅率近乎減半的短期・長期分界，以「出售當年 1 月 1 日時點是否已持有超過 5 年」判定——從取得日剛滿 5 年並不夠，是按曆年劃線，須注意。課稅對象不是售價本身，而是售價−（取得費＋轉讓費用）的轉讓收益。保留取得時的合約與雜費收據，可正確計入取得費、壓低稅額。此外非居住者出售時，買方會源泉徵收價款的 10.21%（一定額以下的自住等除外），之後再以確定申報結算。
5. 繼承稅（最大的陷阱）
容易被忽略的是：非居住者持有的日本境內不動產，無論被繼承人・繼承人住在何處，都屬於日本繼承稅的課稅對象。基礎扣除為「3,000 萬日圓＋600 萬×法定繼承人數」，最高稅率 55%。不動產不同於現金，難以分割，且須就評估額以現金繳納繼承稅，因此納稅資金的準備往往成為難題。透過生前贈與轉移持份、運用資產管理法人、以人壽保險確保納稅資金等，生前對策具有決定性意義；人走之後幾乎無計可施。
6. 贈與稅
不等繼承即轉移資產的手段是贈與，用法得當能大幅壓縮負擔。代表是曆年贈與（每年 110 萬日圓以內免稅），逐年累積長期即成可觀金額。若要一次轉移較大額度，可用繼承時精算課稅（贈與時 2,500 萬日圓以內免稅，繼承時結算）；夫妻間的自住不動產還可用配偶者扣除（2,000 萬日圓）。選哪種因資產規模、年齡、繼承人數而異，故慣例是與繼承稅一併做長期模擬。
7. 藉由租稅條約規避雙重課稅
「在日本和本國都被課稅、會不會被重複徵收」的擔憂，可由租稅條約化解。日本與美、中、韓、澳等主要國家簽有租稅條約，在日本已繳的稅可在本國確定申報時作為外國稅額扣除抵減。各條約對股息、利息、不動產所得的處理與上限稅率不同，事先確認本國與日本的條約內容，便能在全球層面把實效稅率降到最低。理想做法是讓兩國稅理士能夠協同。
8. 納稅管理人
非居住者若在日本持有不動產，負有在日本境內選任「納稅管理人」的義務。這是代本人接收納稅通知、提交確定申報、與稅務署往來的窗口，通常委託稅理士（年約定大致 12〜30 萬日圓）或可信賴的在日人士。未選任則納稅通知無法送達，可能在不知情中產生滯納。這是應在取得物業的同時即定下的首個實務步驟。
「把稅務全丟給專家」會吃虧。理解基本結構之後，再與稅理士、律師共同制定長期戰略，才是海外業主的正道。