非居住外国人持有日本不动产，会在取得、保有、出租、出售、继承五个场景各自适用不同的税。税率本身是公开信息，但若不清楚"何时、向谁、缴多少"，就可能被源泉征收多扣却没申请退税，或在继承时背上预想之外的负担。先把基本结构理清。
1. 取得时的税金
| 不动产取得税 | 评估额的 3〜4% |
| 登录免许税（所有权转移） | 评估额的 2% |
| 登录免许税（抵押权设定） | 借款额的 0.4% |
| 印纸税 | 1 万〜10 万日元 |
| 消费税（仅建物） | 10% |
取得时的杂费约为建物价格的 5〜8%。要留意的是缴纳时点：登录免许税和印纸税在登记・签约时即需缴纳，而不动产取得税是后付——纳税通知书在取得后数月才寄达。若交付时把资金用尽，之后会不够，因此应另行预留价格近一成。还要记住：土地不征消费税，仅建物按 10% 课税。
2. 保有时的税金（每年）
- 固定资产税：评估额的 1.4%
- 都市计划税：评估额的 0.3%（都市计划区域内）
- 合计：评估额约 1.7%（住宅用地有减免）
固定资产税・都市计划税以每年 1 月 1 日时点的所有者为课税对象，分四期缴纳。关键是住宅用地的减免：200㎡ 以下的"小规模住宅用地"，固定资产税课税标准降至 1/6，都市计划税降至 1/3。空地或事业用地无此减免，故同一块地是否建有住宅，税额差异很大。非居住者通常透过纳税管理人（见下）缴纳。
3. 租赁收入的课税
非居住者的租金收入，会先被源泉征收 20.42%（多由管理公司从租金中代扣）。但这只是暂扣。通过确定申报扣除必要经费，多缴的部分即可退还。可扣的主要经费包括建物折旧、管理委托费、修缮费、借款利息、固定资产税、保险费等。叠加之后课税所得大幅压缩，实效税率降至 5〜15% 也不罕见。别让"被源泉扣完就算了"，每年 3 月 15 日前务必申报，这是海外业主最划算的一环。
4. 出售时的转让所得税
| 持有期间 | 税率 |
|---|---|
| 5 年以下（短期） | 39.63%（所得税 30%＋住民税 9%＋复兴 1.63%） |
| 超过 5 年（长期） | 20.315% |
| 自住 3,000 万日元特别扣除 | 仅居住者（非居住者不可） |
令税率近乎减半的短期・长期分界，以"出售当年 1 月 1 日时点是否已持有超过 5 年"判定——从取得日刚满 5 年并不够，是按历年划线，须注意。课税对象不是售价本身，而是售价−（取得费＋转让费用）的转让收益。保留取得时的合约与杂费收据，可正确计入取得费、压低税额。此外非居住者出售时，买方会源泉征收价款的 10.21%（一定额以下的自住等除外），之后再以确定申报结算。
5. 继承税（最大的陷阱）
容易被忽略的是：非居住者持有的日本境内不动产，无论被继承人・继承人住在何处，都属于日本继承税的课税对象。基础扣除为"3,000 万日元＋600 万×法定继承人数"，最高税率 55%。不动产不同于现金，难以分割，且须就评估额以现金缴纳继承税，因此纳税资金的准备往往成为难题。透过生前赠与转移持份、运用资产管理法人、以人寿保险确保纳税资金等，生前对策具有决定性意义；人走之后几乎无计可施。
6. 赠与税
不等继承即转移资产的手段是赠与，用法得当能大幅压缩负担。代表是历年赠与（每年 110 万日元以内免税），逐年累积长期即成可观金额。若要一次转移较大额度，可用继承时精算课税（赠与时 2,500 万日元以内免税，继承时结算）；夫妻间的自住不动产还可用配偶者扣除（2,000 万日元）。选哪种因资产规模、年龄、继承人数而异，故惯例是与继承税一并做长期模拟。
7. 借由租税条约规避双重课税
"在日本和本国都被课税、会不会被重复征收"的担忧，可由租税条约化解。日本与美、中、韩、澳等主要国家签有租税条约，在日本已缴的税可在本国确定申报时作为外国税额扣除抵减。各条约对股息、利息、不动产所得的处理与上限税率不同，事先确认本国与日本的条约内容，便能在全球层面把实效税率降到最低。理想做法是让两国税理士能够协同。
8. 纳税管理人
非居住者若在日本持有不动产，负有在日本境内选任"纳税管理人"的义务。这是代本人接收纳税通知、提交确定申报、与税务署往来的窗口，通常委托税理士（年约定大致 12〜30 万日元）或可信赖的在日人士。未选任则纳税通知无法送达，可能在不知情中产生滞纳。这是应在取得物业的同时即定下的首个实务步骤。
"把税务全丢给专家"会吃亏。理解基本结构之后，再与税理士、律师共同制定长期战略，才是海外业主的正道。